Gene Dmel\elav
| General Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Symbol | Dmel\elav | Species | D. melanogaster | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Name | embryonic lethal, abnormal vision | Annotation symbol | CG4262 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Feature type | protein_coding_gene | FlyBase ID | FBgn0000570 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Created / Updated | 2005-01-10/2007-08-06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genomic Location | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chromosome (arm) | X | Recombination map | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cytogenetic map | 1B7-1B8 | Sequence location | X:410,878..417,259 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Map ( GBrowse ) |
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Summary Information
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Automatically generated summary
See sections below for more information | The gene embryonic lethal, abnormal vision is referred to in FlyBase by the symbol elav (CG4262, FBgn0000570). It has the cytological map location 1B7-1B8. Its sequence location is X:410878..417259. Its molecular function is described as: mRNA binding; RNA binding; nucleotide binding. It is involved in the biological processes: RNA metabolic process; nervous system development; negative regulation of mRNA 3'-end processing. 67 alleles are reported. The phenotypes of these alleles are annotated with: eye; retina; photoreceptor cell; optic lobe; wing; rhabdomere; optic chiasma; medulla. It has 3 annotated transcripts and 3 annotated polypeptides. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| External Summaries | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phenotypic Description from the Red Book (Lindsley & Zimm 1992)
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| Gene/Allele symbols may differ from current usage | elav: embryonic lethal, abnormal vision (J. C. Hall)
Embryonic lethal, or in the case of viable and
ostensibly hypomorphic alleles, displays poor jumping and flying ability plus aberrant visual physiology and behavior. No
morphological abnormalities visible in sections of dying
embryos (elav1, elav2, or elav3); however, whole-mount embryos
show periodic interruptions in the longitudinal connectives of
the CNS and missing commissures especially the posterior ones
(Jimenez and Campos-Ortega). elavts1 allows survival to adult
stage at 19-25 but viability is reduced and adults usually die
soon after eclosion; viability after rearing at 30 is very low
and newly emerged adults show poor coordination and die soon;
this temperature-sensitive allele also causes morphological
abnormalities in the brain, especially in the visual system
(after postembryonic shift from 19 to 30 or even following all
development at low-temperature); optic chiasma is abnormal and
second order optic lobe (medulla) is rotated to aberrant position (Campos et al., 1985); when elavts1 raised at 30, surface
of eye is rough and photoreceptor layer abnormal in sections
(Campos et al., 1985). Another temperature-sensitive allele
elav19 also induces abnormalities of visual system (Homyk et
al., 1985); rearing at 29 or high-temperature pulses delivered
to pupae, raised otherwise at 20, causes vacuolization of photoreceptors and disorganization of rhabdomeres; high-temperature rearing or pupal pulsing induces severe optic lobe
defects (absence of size reduction); electroretinograms of
this mutant, raised at high-temperature, are missing light-on
and light-off transient spikes (also seen after low-temperature rearing) and have reduction of ERG photoreceptor
potential; amplitude of this potential also deteriorates as
does deep pseudopupil when adults treated at high-temperature
after low-temperature rearing; mosaic analysis (Campos et al.,
1985) of elav1 reveals autonomously induced defects in eye
morphology, but no effects on other imaginal disc derivatives,
and suggests both directly induced defects in optic lobe
development, as well as inductively caused CNS defects mediated through expression of this mutation in the eye (i. e.,
such that the visual system's ganglia are genotypically normal). Lethal "focusing" in these mosaics suggests influence
of gene on derivatives of ventral blastoderm. In studies of
viable alleles, elav19 and elav20, both of which are
temperature-sensitive, flying and jumping ability shown to be
especially aberrant after rearing at 29; wing position also
aberrant; elavts1 most severe, including having no optomotor
response when raised at high (or even low) temperature;
temperature-sensitive period for aberrant wing posture in
elav19 extends from larval to pupal period (Homyk and Grigliatti). An antibody specific to neuronal nuclei fails to stain
neurons of elav-deficient embryos; however, the quantity of
antigen does not respond to the number of elav+ genes present
(Bier, Ackerman, Barbel, Jan and Jan, 1988, Science
240: 913-16). elav transcripts detected in all postmitotic
neurons, from their birth; not seen in embryonic or larval
neuroblasts. Also seen in larval eye discs, adult retinas and
Johnston's organ of the antennae.
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Detailed Mapping Data
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| FlyBase Computed Cytological Location | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cytogenetic map Evidence for location 1B7-1B8
Limits computationally determined from genome sequence between P{EP}svrEP356&P{EP}argEP452 and P{EP}DreddEP1412&P{EP}Suv4-20EP1216a
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| Experimentally Determined Cytological Location | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cytogenetic map Notes References 1B7-1B10 (determined by in situ hybridisation)
1B7-1B10 (determined by in situ hybridisation)
1B5-1B9 (determined by in situ hybridisation)
1B4-1B9 (determined by in situ hybridisation)
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| Experimentally Determined Recombination Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Location | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Left of (cM) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Right of (cM) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Notes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Map Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Order (in direction of increasing cytology)
References In direction of increasing cytology: arg+ elav- arg+ Gene Order (overall orientation not stated) References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model & Products
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Please see the
GBrowse view of
Dmel\elav
for information on other features
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| Comments on Gene Model | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript Data
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| Annotated Transcripts | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Name FlyBase ID RefSeq ID Length (nt) Associated CDS (aa) FBtr0100254
2604
479 FBtr0114366
2639
479 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Additional Transcript Data & Comments | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reported size (kB) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comments | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| External Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Crossreferences | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Polypeptide Data
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| Annotated Polypeptides | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Name FlyBase ID
Predicted MW (kD)
Length (aa)
Theoretical pI
RefSeq ID
GenBank protein
FBpp0099643
50.3
479
9.56
FBpp0112915
50.3
479
9.56
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| Additional Polypeptide Data & Comments | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reported size (kD) | 483 (aa); 50 kD (kD predicted) 50 (kD observed) 483 (aa); 50 (kD observed) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comments | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| External Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Linkouts | PANTHER
- Protein classification by function, families, and pathways
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| Crossreferences | InterPro
domains - A database of protein families, domains, and functional sites
• RNA recognition motif, RNP-1 (IPR000504)
Paraneoplastic encephalomyelitis antigen (IPR002343)
Splicing factor ELAV/HuD (IPR006548)
Nucleotide-binding, alpha-beta plait (IPR012677)
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Sequences Consistent with the Gene Model
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| DDBJ
/
EMBL / GenBank | DNA sequence Protein sequence Name | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniProtKB/Swiss-Prot | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniProtKB/TrEMBL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Maps to | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Does NOT map to | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Identified with | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mapped Features & Mutations
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Please see
GBrowse
or insertion reports for information on insertions of transgenic
constructs and features not listed here
Type Symbol & Location Additional Notes References aberration junction Df(1)yT7-263.bk2 X:411,089..415,899 comment=The deficiency breakpoint maps to an EcoRI- EcoRI restriction fragment. evidence=experimental linked_to=EcoRI-EcoRI_rfrag aberration junction Df(1)yT6-437.bk2 X:411,089..415,899 evidence=experimental linked_to=EcoRI-EcoRI_rfrag comment=The deficiency breakpoint maps to an EcoRI- EcoRI restriction fragment. aberration junction In(1)elav[4].bk2 X:411,089..415,899 evidence=experimental linked_to=EcoRI-EcoRI_rfrag comment=The inversion breakpoint maps to an EcoRI- EcoRI restriction fragment. point mutation elav[ts1] X:412,021..412,021 reported_na_change=G?A evidence=experimental na_change=G374810A reported_pr_change=W419@ pr_change=W415|elav-PB,W419|elav-PA point mutation elav[20] X:412,020..412,020 reported_na_change=G?A evidence=experimental na_change=G374809A pr_change=W415|elav-PB,W419|elav-PA reported_pr_change=W419@ point mutation elav[19] X:412,000..412,000 reported_na_change=G?A evidence=experimental na_change=G374789A pr_change=G422E|elav-PB,G426E|elav-PA reported_pr_change=G426E regulatory region elav-reg_element-1 X:417,019..417,351 comment=region required for the neural specificity of elav expression in the embryonic nervous system evidence=experimental rescue fragment elav[+t8.5] X:411,089..419,606 comment=reported as coordinates 757 to 9285 of Acc. GB:M21153 evidence=experimental rescue fragment elav[+t15.5] X:404,207..419,606 evidence=experimental linked_to=PstI-BamHI_rfrag rescue fragment elav[+t13.5] X:404,207..417,835 evidence=experimental linked_to=XbaI-BamHI_rfrag | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
External Data
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| Linkouts | DEDB
- Drosophila exon database: splicing graphs
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| Crossreferences | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression Data
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| FlyBase-Curated Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Transcript and Protein data | Please see the FlyBase Gene Expression Report for details of gene expression from the literature. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary of Transcript Expression
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Stage Tissue/Position
Reference
embryonic stage | stage 13-14
dorsal ectoderm
embryonic stage| 6-18 hr
embryonic stage
adult stage
Johnston\\\'s organ
larval stage | third instar
ventral ganglion
embryonic stage | stage 11-14
embryonic central nervous system | presumptive
embryonic stage | 6-18 hr
embryonic stage | 6-12 hr
embryonic nervous system
larval stage | third instar
morphogenetic furrow | posterior to
pupal stage | 96 hr
thoracic ganglion
larval stage | third instar
larval brain | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Marker for | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Subcellular Localization | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CV Term | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary of Polypeptide Expression
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Stage Tissue/Position
Reference
pupal stage | 12-50 hr
ocellus | presumptive
adult stage
photoreceptor cell R1..8
adult stage
ocellus
adult stage
retina
pupal stage | 72 hr
lamina cortex
pupal stage | 72 hr
lobula plate cortex
pupal stage | 12 hr
eye-antennal disc
embryonic stage | stage 11-16
embryonic/larval nervous system
adult stage
thoracic ganglion
pupal stage | 72 hr
monopolar laminar cell
larval stage | third instar
larval brain
pupal stage | 72 hr
thoracic ganglion
embryonic stage | stage 13-15
peripheral nervous system
pupal stage | 72 hr
pupal stage | 72 hr
medulla cortex
adult stage
larval stage | third instar
eye-antennal disc
pupal stage-adult stage
adult brain
embryonic stage | stage 11-15
central nervous system
pupal stage | 72 hr
retina
adult stage
antenna | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Marker for | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Subcellular Localization | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CV Term | nucleus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Microarray Data
|
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Developmental timecourse, Costello et al., 2008 (Original data from Arbeitman et al., 2002)
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External Data & Images
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| Linkouts | FLIGHT
- Cell culture data for RNAi and other high-throughput technologies
FlyAtlas
- Adult expression by tissue, using Affymetrix Dros2 array
GEO (NCBI)
- Gene expression data: microarray and other high-throughput technologies
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Alleles & Phenotypes
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Summary of Allele Phenotypes
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Lethality Allele Other Phenotypes Allele Sterility Allele Phenotype manifest in Allele | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Classical Alleles
( 33 ) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| For All Classical Alleles Show | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Alleles Carried on Transgenic Constructs
( 34 ) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| For All Alleles Carried on Transgenic Constructs Show | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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