Gene Dmel\fs(1)h
| General Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Symbol | Dmel\fs(1)h | Species | D. melanogaster | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Name | female sterile (1) homeotic | Annotation symbol | CG2252 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Feature type | protein_coding_gene | FlyBase ID | FBgn0004656 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Created / Updated | 2003-12-01/2003-12-01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genomic Location | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chromosome (arm) | X | Recombination map | 1-21.65 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cytogenetic map | 7D3-7D5 | Sequence location | X:7,933,976..7,955,469 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Map ( GBrowse ) |
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Summary Information
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Automatically generated summary
See sections below for more information | The gene female sterile (1) homeotic is referred to in FlyBase by the symbol fs(1)h (CG2252, FBgn0004656). It has the cytological map location 7D3-7D5. Its sequence location is X:7933976..7955469. Its molecular function is described as: DNA binding; protein kinase activity. It is involved in the biological process regulation of transcription from RNA polymerase II promoter. 33 alleles are reported. The phenotypes of these alleles are annotated with: metathoracic segment; egg; hypostomal sclerite; mouth hooks; embryonic head. It has 5 annotated transcripts and 5 annotated polypeptides. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| External Summaries | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phenotypic Description from the Red Book (Lindsley & Zimm 1992)
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| Gene/Allele symbols may differ from current usage | fs(1)h: female sterile (1) homeotic
Many mutant alleles at this locus are nonconditional
lethals, but there are three temperature-sensitive hypomorphic
alleles. fs(1)h1 is the weakest of these and many of the
phenotypic studies have been carried out on it and on
Df(1)C128, which is deficient for the locus. Temperature-sensitive genotypes display two periods of sensitivity to
elevated temperature; one is during oogenesis and affects
embryonic development and the other is during the pupal stage
and affects adult survival. Adult survival of fs(1)h1 homozygotes and fs(1)h1/Df(1)C128 heterozygotes is normal at 20 and
25, but 10% and 0 respectively at 28.5. As mentioned above,
the TSP for lethality is the pupal stage. fs(1)h15 shown to
be lethal in germ-line clones (Perrimon, Engstrom, and
Mahowald, 1984a, Dev. Biol. 105: 404-14). Fertility of
fs(1)h homozygotes and fs(1)h/Df(1)C128 temperature sensitive
with the former becoming completely sterile at 29 and the
latter at 25; temperature-sensitive periods for
fs(1)h/Df(1)C128 females during pregastrulation embryogenesis
and perhaps late oogenesis. Eggs laid at restrictive temperatures exhibited normal preblastoderm development, although
about half the nuclei are haploid; nuclear behavior during
blastoderm formation disrupted and development arrested in
blastoderm or early gastrulation. Larvae and adults surviving
semi-permissive temperatures display homeotic anomalies; dead
embryos, and newly hatched larvae frequently have missing
thoracic and anterior abdominal segments; surviving adults
exhibit a sex ratio skewed in favor of males and frequently
show missing halteres and less frequently third legs; effects
are more severe in progeny of fs(1)h/Df(1)C128 than homozygous
fs(1)h females, in daughters than sons, and at 25 than 23;
small areas of homeotic transformations of anterior metathoracic to anterior mesothoracic structures also seen. The maternal effect of fs(1)h interacts synergistically with Ubx130,
Df(3R)red, and trx, but not bx3 or pbx.
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Detailed Mapping Data
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| FlyBase Computed Cytological Location | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cytogenetic map Evidence for location 7D3-7D5
Limits computationally determined from genome sequence between P{EP}snEP1217 and P{EP}Ubc-E2HEP1303
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| Experimentally Determined Cytological Location | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cytogenetic map Notes References 7D5-7D6 There is a discrepancy between the in situ localisation (12C) and the molecular localisation based on the flanking sequence (7D5--7D6) for the "l(1)G0495" (fs(1)hG0495) line. The available data suggests that it is most likely that the molecular localisation (7D5--7D6) is correct and that the in situs were misinterpreted.
7D3-7D4 (determined by in situ hybridisation)
12C-12C (determined by in situ hybridisation) 7D3--4 (determined by in situ hybridisation)
7D5-7D6 (determined by in situ hybridisation)
7D4-7D6 (determined by in situ hybridisation)
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| Experimentally Determined Recombination Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Location | 1-21.65 1- | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Left of (cM) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Right of (cM) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Notes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Map Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Order (in direction of increasing cytology)
References Gene Order (overall orientation not stated) References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model & Products
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Please see the
GBrowse view of
Dmel\fs(1)h
for information on other features
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| Comments on Gene Model | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript Data
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| Annotated Transcripts | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Name FlyBase ID RefSeq ID Length (nt) Associated CDS (aa) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Additional Transcript Data & Comments | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reported size (kB) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comments | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| External Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Crossreferences | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Polypeptide Data
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| Annotated Polypeptides | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Name FlyBase ID
Predicted MW (kD)
Length (aa)
Theoretical pI
RefSeq ID
GenBank protein
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| Additional Polypeptide Data & Comments | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reported size (kD) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comments | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| External Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Linkouts | PANTHER
- Protein classification by function, families, and pathways
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| Crossreferences | InterPro
domains - A database of protein families, domains, and functional sites
• Bromodomain (IPR001487)
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Sequences Consistent with the Gene Model
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| DDBJ
/
EMBL / GenBank | DNA sequence Protein sequence Name | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniProtKB/Swiss-Prot | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniProtKB/TrEMBL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Maps to | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Does NOT map to | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Identified with | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mapped Features & Mutations
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Please see
GBrowse
or insertion reports for information on insertions of transgenic
constructs and features not listed here
Type Symbol & Location Additional Notes References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
External Data
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| Linkouts | DEDB
- Drosophila exon database: splicing graphs
• | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Crossreferences | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression Data
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| FlyBase-Curated Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Transcript and Protein data | Please see the FlyBase Gene Expression Report for details of gene expression from the literature. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary of Transcript Expression
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Stage Tissue/Position
Reference
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| Marker for | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Subcellular Localization | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CV Term | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary of Polypeptide Expression
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Stage Tissue/Position
Reference
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| Marker for | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Subcellular Localization | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CV Term | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Microarray Data
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Developmental timecourse, Costello et al., 2008 (Original data from Arbeitman et al., 2002)
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External Data & Images
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| Linkouts | FLIGHT
- Cell culture data for RNAi and other high-throughput technologies
FlyAtlas
- Adult expression by tissue, using Affymetrix Dros2 array
GEO (NCBI)
- Gene expression data: microarray and other high-throughput technologies
FlyExpress
- Embryonic expression images (BDGP data)
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Alleles & Phenotypes
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Summary of Allele Phenotypes
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Lethality Allele Sterility Allele Phenotype manifest in Allele | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Classical Alleles
( 32 ) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| For All Classical Alleles Show | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Stage(s)
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