Gene Dmel\CdGAPr
| General Information | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Symbol | Dmel\CdGAPr | Species | D. melanogaster | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Name | CdGAPr | Annotation symbol | CG10538 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Feature type | protein_coding_gene | FlyBase ID | FBgn0032821 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Created / Updated | 2003-12-01/2003-12-01 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genomic Location | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chromosome (arm) | 2L | Recombination map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cytogenetic map | 38A3-38A3 | Sequence location | 2L:19,775,092..19,791,900 [-] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Map ( GBrowse ) |
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Summary Information
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Automatically generated summary
See sections below for more information | This gene is referred to in FlyBase by the symbol CdGAPr (CG10538, FBgn0032821). It has the cytological map location 38A3. Its sequence location is 2L:19775092..19791900. Its molecular function is described as GTPase activator activity. It is involved in the biological process signal transduction. 8 alleles are reported. No phenotypic data is available. It has one annotated transcript and one annotated polypeptide. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detailed Mapping Data
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| FlyBase Computed Cytological Location | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cytogenetic map Evidence for location 38A3-38A3
Limits computationally determined from genome sequence between P{EP}EP623&P{PZ}spi01068 and P{lacW}l(2)k10239k10239
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| Experimentally Determined Cytological Location | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cytogenetic map Notes References 38A5-38A5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimentally Determined Recombination Data | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Location | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Left of (cM) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Right of (cM) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Notes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Map Data | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Order (in direction of increasing cytology)
References Gene Order (overall orientation not stated) References | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model & Products
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Please see the
GBrowse view of
Dmel\CdGAPr
for information on other features
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| Comments on Gene Model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DGC clone LD 27836 appears problematic: incomplete CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript Data
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| Annotated Transcripts | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Name FlyBase ID RefSeq ID Length (nt) Associated CDS (aa) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Additional Transcript Data & Comments | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reported size (kB) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comments | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| External Data | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Crossreferences | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Polypeptide Data
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| Annotated Polypeptides | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Name FlyBase ID
Predicted MW (kD)
Length (aa)
Theoretical pI
RefSeq ID
GenBank protein
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| Additional Polypeptide Data & Comments | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reported size (kD) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comments | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| External Data | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Linkouts | PANTHER
- Protein classification by function, families, and pathways
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| Crossreferences | InterPro
domains - A database of protein families, domains, and functional sites
• | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences Consistent with the Gene Model
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| DDBJ
/
EMBL / GenBank | DNA sequence Protein sequence Name | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniProtKB/Swiss-Prot | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniProtKB/TrEMBL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Maps to | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Does NOT map to | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Identified with | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mapped Features & Mutations
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Please see
GBrowse
or insertion reports for information on insertions of transgenic
constructs and features not listed here
Type Symbol & Location Additional Notes References | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
External Data
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| Linkouts | DEDB
- Drosophila exon database: splicing graphs
• | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Crossreferences | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression Data
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| FlyBase-Curated Data | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Transcript and Protein data | Please see the FlyBase Gene Expression Report for details of gene expression from the literature. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary of Transcript Expression
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Stage Tissue/Position
Reference
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| Marker for | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Subcellular Localization | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CV Term | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary of Polypeptide Expression
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Stage Tissue/Position
Reference
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| Marker for | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Subcellular Localization | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CV Term | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Microarray Data
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|
Developmental timecourse, Costello et al., 2008 (Original data from Arbeitman et al., 2002)
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External Data & Images
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| Linkouts | FLIGHT
- Cell culture data for RNAi and other high-throughput technologies
FlyAtlas
- Adult expression by tissue, using Affymetrix Dros2 array
GEO (NCBI)
- Gene expression data: microarray and other high-throughput technologies
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Alleles & Phenotypes
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Summary of Allele Phenotypes
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Lethality Allele Sterility Allele Phenotype manifest in Allele | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Classical Alleles
( 6 ) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| For All Classical Alleles Show | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Alleles Carried on Transgenic Constructs
( 2 ) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| For All Alleles Carried on Transgenic Constructs Show | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Aneuploid Aberrations
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Useful deficiency | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disrupted in | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transgenic Constructs & Insertions
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| Transgenic Constructs | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of construct Name Expression data UAS construct | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Insertions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of insertions Name Expression data insertion of mobile activating element miscellaneous insertions insertion of enhancer trap | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Related Comments
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Please look at the allele reports for the complete phenotype data
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Gene Ontology: Function, Process & Cellular Component
( 3 ) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function
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CV term References | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
inferred from sequence or structural similarity inferred from sequence or structural similarity with SGD_LOCUS:RGA1; SGD:S0005653 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Biological Process
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CV term References | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
inferred from electronic annotation with InterPro:IPR000198, InterPro:IPR008936 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cellular Component
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CV term References | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
inferred from electronic annotation with InterPro:IPR000198, InterPro:IPR008936 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence Ontology: Class of Gene
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Interactions & Pathways
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Summary of Genetic Interactions
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Interacts with |
Please look at the allele data for full details of the genetic
interactions
CdGAPr
allele
Gene References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
External Data
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| Linkouts | BioGRID
- Interaction data, including yeast 2-hybrid and genetic interactions
Drosophila PIMRider
- The Drosophila Protein Interaction map
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Orthologs
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| Genome-wide drosophilid orthologs | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curated drosophilid orthologs | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Linkouts | InParanoid
orthologs - Eukaryotic orthologs
•
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Functional Complementation between Species
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Inter-Species Misexpression Data
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Produces phenotype in | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Produces NO phenotype in | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stocks & Reagents
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Stocks Listed in FlyBase
( 10 ) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Harvard | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Szeged | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Bloomington | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genomic Clones
( 1 ) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA Clones
( 22 ) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| cDNA Clones, Fully Sequenced | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| BDGP DGC clones | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Other clones | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| cDNA Clones, End Sequenced (ESTs) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| BDGP DGC clones | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Other clones | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RNAi & Array Information
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Affy Oligo | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Linkouts | DRSC
- RNAi screening (Harvard): high-throughput cell culture data and design
GenomeRNAi
- RNAi phenotypes (Heidelberg): high-throughput cell culture data
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Antibody Information
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Other Information
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Discoverer
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Etymology
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Identification
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Position Effect Variegation Data
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Relationship to Other Genes
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| Source for database identity of | Source for identity of: GAP CG10538 Source for identity of GAP CG10538 was sequence comparison (date:000327). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Source for database merge of | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Additional comments | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comments About Role
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Comments About Molecular Function
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Other Comments
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dsRNA made from templates generated with primers directed against this gene tested in RNAi screen for effects on Kc167 and S2R+ cell morphology. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
External Crossreferences & Linkouts
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| Sequence Crossreferences | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq (Transcripts)
RefSeq (Proteins)
• | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Other Crossreferences | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InterPro
domains - A database of protein families, domains, and functional sites
• | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Linkouts | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BioGRID
- Interaction data, including yeast 2-hybrid and genetic interactions
DEDB
- Drosophila exon database: splicing graphs
• DRSC
- RNAi screening (Harvard): high-throughput cell culture data and design
Drosophila PIMRider
- The Drosophila Protein Interaction map
FLIGHT
- Cell culture data for RNAi and other high-throughput technologies
FlyAtlas
- Adult expression by tissue, using Affymetrix Dros2 array
FlyMine
- Integrated genomics database for Drosophila, Anopheles, and C.elegans
GEO (NCBI)
- Gene expression data: microarray and other high-throughput technologies
GenomeRNAi
- RNAi phenotypes (Heidelberg): high-throughput cell culture data
InParanoid
orthologs - Eukaryotic orthologs
•
PANTHER
- Protein classification by function, families, and pathways
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Synonyms & Secondary IDs
( 5 ) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reported As | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Symbol Synonym | 10538 CdGAPr CG10538 (Hu, 2005, ) d-CdGAPr | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Name Synonym | CdGAPr | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Secondary FlyBase IDs | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
References
( 21 ) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Generate a list of | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| List References by type |
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Recent research papers (0)
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| All research papers listed in FlyBase were published before 2006 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Recent reviews (0)
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| All reviews listed in FlyBase were published before 2006 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

