Gene Dmel\scyl
| General Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Symbol | Dmel\scyl | Species | D. melanogaster | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Name | scylla | Annotation symbol | CG7590 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Feature type | protein_coding_gene | FlyBase ID | FBgn0041094 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Created / Updated | 2003-12-01/2003-12-01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genomic Location | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chromosome (arm) | 3L | Recombination map | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cytogenetic map | 68B4-68C1 | Sequence location | 3L:11,245,409..11,248,621 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Map ( GBrowse ) |
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Summary Information
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Automatically generated summary
See sections below for more information | The gene scylla is referred to in FlyBase by the symbol scyl (CG7590, FBgn0041094). It has the cytological map location 68B4-68C1. Its sequence location is 3L:11245409..11248621. Its molecular function is unknown. It is involved in the biological processes: negative regulation of growth; head involution; cell death; negative regulation of signal transduction. 13 alleles are reported. No phenotypic data is available. It has 2 annotated transcripts and 2 annotated polypeptides. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| External Summaries | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detailed Mapping Data
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| FlyBase Computed Cytological Location | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cytogenetic map Evidence for location 68B4-68C1
Limits computationally determined from genome sequence between P{PZ}l(3)0123901239&P{lacW}l(3)01239j9B4 and P{PZ}CycA02461&P{PZ}CycA03946
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| Experimentally Determined Cytological Location | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cytogenetic map Notes References 68C-68C | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimentally Determined Recombination Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Location | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Left of (cM) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Right of (cM) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Notes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Map Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Order (in direction of increasing cytology)
References Gene Order (overall orientation not stated) References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model & Products
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Please see the
GBrowse view of
Dmel\scyl
for information on other features
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| Comments on Gene Model | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DGC clone LD22812 appears problematic: unspliced intron | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript Data
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| Annotated Transcripts | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Name FlyBase ID RefSeq ID Length (nt) Associated CDS (aa) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Additional Transcript Data & Comments | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reported size (kB) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comments | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| External Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Crossreferences | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Polypeptide Data
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| Annotated Polypeptides | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Name FlyBase ID
Predicted MW (kD)
Length (aa)
Theoretical pI
RefSeq ID
GenBank protein
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| Additional Polypeptide Data & Comments | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reported size (kD) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comments | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| External Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Linkouts | PANTHER
- Protein classification by function, families, and pathways
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| Crossreferences | InterPro
domains - A database of protein families, domains, and functional sites
• RTP801, C-terminal (IPR012918)
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Sequences Consistent with the Gene Model
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| DDBJ
/
EMBL / GenBank | DNA sequence Protein sequence Name | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniProtKB/Swiss-Prot | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniProtKB/TrEMBL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Maps to | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Does NOT map to | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Identified with | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mapped Features & Mutations
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Please see
GBrowse
or insertion reports for information on insertions of transgenic
constructs and features not listed here
Type Symbol & Location Additional Notes References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
External Data
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| Linkouts | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Crossreferences | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression Data
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| FlyBase-Curated Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Transcript and Protein data | Please see the FlyBase Gene Expression Report for details of gene expression from the literature. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary of Transcript Expression
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Stage Tissue/Position
Reference
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| Marker for | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Subcellular Localization | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CV Term | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary of Polypeptide Expression
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Stage Tissue/Position
Reference
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| Marker for | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Subcellular Localization | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CV Term | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Microarray Data
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Developmental timecourse, Costello et al., 2008 (Original data from Arbeitman et al., 2002)
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External Data & Images
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| Linkouts | FLIGHT
- Cell culture data for RNAi and other high-throughput technologies
FlyAtlas
- Adult expression by tissue, using Affymetrix Dros2 array
GEO (NCBI)
- Gene expression data: microarray and other high-throughput technologies
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Alleles & Phenotypes
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Summary of Allele Phenotypes
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Lethality Allele Other Phenotypes Allele Sterility Allele Phenotype manifest in Allele | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Classical Alleles
( 9 ) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| For All Classical Alleles Show | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Alleles Carried on Transgenic Constructs
( 4 ) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| For All Alleles Carried on Transgenic Constructs Show | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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