Gene Dmel\kcc
| General Information | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Symbol | Dmel\kcc | Species | D. melanogaster | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Name | kazachoc | Annotation symbol | CG5594 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Feature type | protein_coding_gene | FlyBase ID | FBgn0261794 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Gene Model Status | Current | Stock availability | 11 publicly available | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genomic Location | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chromosome (arm) | 2R | Recombination map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cytogenetic map | 60A9-60A11 | Sequence location | 2R:19,795,651..19,812,619 [+] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genomic Maps
modENCODE GBrowse |
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Summary Information | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Automatically generated summary
See sections below for more information | The gene kazachoc is referred to in FlyBase by the symbol Dmel\kcc (CG5594, FBgn0261794). It is a protein_coding_gene from Drosophila melanogaster. There is experimental evidence that it has the molecular function: potassium:chloride symporter activity. There is experimental evidence that it is involved in the biological process: response to mechanical stimulus; mechanosensory behavior. 15 alleles are reported. No phenotypic data is available. It has 4 annotated transcripts and 4 annotated polypeptides. Protein features are: Amino acid permease domain; K-Cl co-transporter; Na/K/Cl co-transporter superfamily. Gene sequence location is 2R:19795651..19812619. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Recent Updates
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| Description |
What does this section display?
This section contains items that were added to this record for each release.
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FlyBase data classes (e.g. genes, references, stocks) or controlled
vocabulary terms (e.g. GO, anatomy terms).
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| FB2011_10 |
Controlled Vocabulary Terms
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| FB2012_01 |
Sequence features
Controlled Vocabulary Terms
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| All updates | Click here to see a list of all updates to this record from FB2010_08 and on. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detailed Mapping Data | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| FlyBase Computed Cytological Location | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cytogenetic map Evidence for location 60A9-60A11
Limits computationally determined from genome sequence between P{lacW}kenk11035&P{EP}CG17658EP730 and P{EP}TalEP489&P{EP}CG3065EP316 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimentally Determined Cytological Location | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cytogenetic map Notes References 88A-88A
(determined by in situ hybridisation)
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| Experimentally Determined Recombination Data | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Location | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Left of (cM) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Right of (cM) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Notes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model & Products | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Please see the GBrowse view of Dmel\kcc for information on other features To submit a correction to a
gene model please use the Contact
FlyBase form
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| Comments on Gene Model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript Data | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Annotated Transcripts | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Name FlyBase ID RefSeq ID Length (nt) Associated CDS
(aa) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Additional Transcript Data & Comments | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reported size (kB) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comments | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| External Data | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Crossreferences | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Polypeptide Data | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Annotated Polypeptides | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Name FlyBase ID Predicted MW (kDa) Length (aa) Theoretical pI RefSeq ID GenBank protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Additional Polypeptide Data & Comments | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reported size (kDa) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comments | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| External Data | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Linkouts | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Crossreferences | InterPro
domains - A database of protein families, domains, and functional sites
• K-Cl co-transporter (IPR000076)
Amino acid permease domain (IPR004841)
Na/K/Cl co-transporter superfamily (IPR004842)
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Sequences Consistent with the Gene Model
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| DDBJ / EMBL / GenBank | DNA sequence Protein
sequence Name | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniProtKB/Swiss-Prot | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniProtKB/TrEMBL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mapped Features | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mapped Features have been reorganized, please
see this article for details. Additional mapped features and mutations can
be found on GBrowse or related reports. Type Symbol &
Location Additional Notes References | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
External Data | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Linkouts | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Crossreferences | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression Data | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript Expression | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RT-PCR
Stage
Tissue/Position (including subcellular localization)
Reference
Comment:reference stages "body" Comment:reference stages "body" | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Additional Descriptive Data | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Marker for | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Subcellular Localization | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CV Term | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Notes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Polypeptide Expression | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mass spectroscopy
Stage
Tissue/Position (including subcellular localization)
Reference
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Additional Descriptive Data | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Marker for | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Subcellular Localization | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CV Term | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Notes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
High-Throughput Expression Data
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or
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See Gelbart and Emmert, 2010.10.13 for analysis details and data files for all genes.
modENCODE Temporal Expression Data (Graveley et al., 2011) FlyAtlas Anatomical Expression Data (Chintapalli et al., 2007) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression Clusters
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
External Data & Images
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| Linkouts | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Alleles & Phenotypes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary of Allele Phenotypes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Lethality Allele Other Phenotypes Allele bang sensitive (with kccP20-180) Phenotype manifest
in Allele | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Classical Alleles ( 10 ) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| For All Classical Alleles Show | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Alleles Carried on Transgenic Constructs
( 5 ) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| For All Alleles Carried on Transgenic Constructs Show | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Aneuploid Aberrations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Not disrupted in | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disrupted in | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Duplicated in | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transgenic Constructs & Insertions
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| Transgenic Constructs | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of
construct Name Expression
data UAS construct | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Insertions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of insertions Name Expression
data insertion of mobile activating element miscellaneous insertions insertion of enhancer trap No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Ontology: Function, Process
& Cellular Component ( 9 unique terms ) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Terms Based on
Experimental Evidence ( 3 terms ) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Function | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CV term References | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
inferred from direct assay | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Biological Process | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CV term References | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
inferred from mutant phenotype inferred from mutant phenotype | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cellular Component ( 0 terms) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Terms Based on Predictions or
Assertions ( 7 terms ) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Function | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CV term References | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
inferred from sequence or structural similarity with Eaat1 inferred from sequence or structural similarity with EMBL:AF047339 AND inferred from sequence or structural similarity with NCBI_gi:4826780 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Biological Process | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CV term References | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
inferred from sequence or structural similarity with Eaat1 inferred from electronic annotation with InterPro:IPR004842 inferred from electronic annotation with InterPro:IPR004842 inferred from sequence or structural similarity with EMBL:AF047339 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cellular Component | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CV term References | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
inferred from sequence or structural similarity with mouse Slc12a4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence Ontology: Class of Gene | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Interactions & Pathways | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary of Physical Interactions
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| Protein-protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Interacting group
Assay
References | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary of Genetic Interactions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Interacts with | Please look at the allele data
for full details of the genetic interactions kcc allele Gene References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
External Data | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Linkouts | DroID
- A comprehensive database of gene and protein interactions.
InterologFinder
Protein-protein interactions (PPI) from both known and predicted PPI data sets.
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Orthologs | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome-wide drosophilid orthologs | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curated drosophilid orthologs | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Linkouts | OrthoDB (Arthropod subset)
The hierarchical catalog of eukaryotic orthologs.
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Stocks & Reagents | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stocks Listed in FlyBase ( 11 ) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Bloomington | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Harvard | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Kyoto | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| VDRC | v101742 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genomic Clones ( 2 ) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Please Note FlyBase no
longer curates genomic clone accessions so this list
may not be complete | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA Clones ( 199 ) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
This section lists
cDNAs and ESTs that fall within the genomic extent
of the gene model, which may include cDNAs and ESTs
of genes within introns, or of overlapping genes.
Please see GBrowse for alignment of the cDNAs and ESTs
to the gene model. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| cDNA Clones, Fully Sequenced | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| BDGP DGC clones | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Other clones | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| cDNA Clones, End Sequenced (ESTs) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| BDGP DGC clones |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Other clones |
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RNAi & Array Information | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Linkouts | DRSC
- Results from RNAi screens.
GenomeRNAi
- GenomeRNAi – A database for cell-based and in vivo RNAi phenotypes and reagents
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Antibody Information
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Other Information | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Discoverer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Etymology | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Identification | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Relationship to Other Genes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Source for database identity of | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Source for database merge of | Source for merge of: BEST:CK01510 CG2768 Source for merge of: BEST:CK01510 CG5594 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Additional comments | Source for merge of BEST:CK01510 CG5594 was a shared cDNA (date:010720). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Comments | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Identification: cDNA screen for secreted and transmembrane proteins expressed during embryogenesis. Annotations CG2768, CG5594 merged as CG5594 in release 3 of the genome annotation, April 2002. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
External Crossreferences & Linkouts
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| Sequence Crossreferences | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq (Transcripts) RefSeq (Proteins) • Entrez Gene
- A searchable database of RefSeq genes.
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| Other Crossreferences | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InterPro
domains - A database of protein families, domains, and functional sites
• K-Cl co-transporter (IPR000076)
Amino acid permease domain (IPR004841)
Na/K/Cl co-transporter superfamily (IPR004842)
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| Linkouts | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DroID
- A comprehensive database of gene and protein interactions.
DRSC
- Results from RNAi screens.
FlyMine
- Integrated genomics database for Drosophila, Anopheles, and C.elegans
GenomeRNAi
- GenomeRNAi – A database for cell-based and in vivo RNAi phenotypes and reagents
InterologFinder
Protein-protein interactions (PPI) from both known and predicted PPI data sets.
modMine
- Data generated by the modENCODE project.
OrthoDB (Arthropod subset)
The hierarchical catalog of eukaryotic orthologs.
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Synonyms & Secondary IDs
( 12 ) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reported As | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Symbol Synonym | BEST:CK01510 CG2768 CG5594 CK01510 E(sda)J kcc l(2)60A-C Line J unnamed | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Name Synonym | E(sda)J lethal (2) 60A-C | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Secondary FlyBase IDs | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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References ( 35 ) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Generate a list of | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| List References by type |
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Recent research papers ( 3 ) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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