Gene Dmel\aPKC
| General Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Symbol | Dmel\aPKC | Species | D. melanogaster | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Name | atypical protein kinase C | Annotation symbol | CG42783 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Feature type | protein_coding_gene | FlyBase ID | FBgn0261854 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Gene Model Status | Current | Stock availability | 11 publicly available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Also Known As | DaPKC, CG10261, aPKCζ, l(2)k06403, aPKC-zeta, psu | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genomic Location | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chromosome (arm) | 2R | Recombination map | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cytogenetic map | 51D5-51D5 | Sequence location | 2R:10,831,963..10,850,451 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genomic Maps
modENCODE GBrowse |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Automatically generated summary
See sections below for more information | The gene atypical protein kinase C is referred to in FlyBase by the symbol Dmel\aPKC (CG42783, FBgn0261854). It is a protein_coding_gene from Drosophila melanogaster. There is experimental evidence that it has the molecular function: protein binding; protein serine/threonine kinase activity. There is experimental evidence for 17 unique biological process terms, many of which group under: cellular process; cell fate commitment; cellular component organization or biogenesis; sensory organ development; establishment or maintenance of cell polarity; system development; germarium-derived oocyte differentiation; learning or memory; establishment or maintenance of neuroblast polarity; localization; anterior/posterior axis specification; biological regulation; open tracheal system development; establishment or maintenance of polarity of follicular epithelium. 37 alleles are reported. The phenotypes of these alleles are annotated with: organ system; multicellular structure; external compound sense organ; organ system subdivision; acellular anatomical structure; portion of tissue; anatomical structure; epithelial cell; peripheral nervous system; adult; embryonic/larval integumentary system; imaginal precursor. It has 9 annotated transcripts and 9 annotated polypeptides. Protein features are: AGC-kinase, C-terminal; Diacylglycerol/phorbol-ester binding; Phox/Bem1p; Protein kinase C, zeta/iota; Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol binding; Protein kinase, ATP binding site; Protein kinase, C-terminal; Protein kinase, catalytic domain; Protein kinase-like domain; Serine/threonine-protein kinase, active site; Serine/threonine-protein kinase, catalytic domain; Serine/threonine-protein kinase-like domain. Gene sequence location is 2R:10831963..10850451. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Recent Updates
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description |
What does this section display?
This section contains items that were added to this record for each release.
It currently only tracks new links between this FlyBase report and other
FlyBase data classes (e.g. genes, references, stocks) or controlled
vocabulary terms (e.g. GO, anatomy terms).
What does this section not display?
This section does not currently display links that were removed or gene model changes.
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Update Feed |
Click the icon below to subscribe to this FlyBase record and receive updates automatically through your
feed reader.
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| FB2011_10 |
Controlled Vocabulary Terms
References
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| FB2012_01 |
References
Sequence features
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| All updates | Click here to see a list of all updates to this record from FB2010_08 and on. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detailed Mapping Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| FlyBase Computed Cytological Location | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cytogenetic map Evidence for location 51D5-51D5
Limits computationally determined from genome sequence between P{lacW}Rpn6k00103 and P{PZ}chn02064 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimentally Determined Cytological Location | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cytogenetic map Notes References 51D5-51D6
51D7-51D8
51D7-51D8
(determined by in situ hybridisation)
51D7-51D8
(determined by in situ hybridisation)
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimentally Determined Recombination Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Location | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Left of (cM) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Right of (cM) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Notes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model & Products | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Please see the GBrowse view of Dmel\aPKC for information on other features To submit a correction to a
gene model please use the Contact
FlyBase form
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comments on Gene Model | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' UTR contains an ORF that is conserved among close Drosophila species (potential peptide 117 aa in length; possible stop-codon suppression). Gene merge based on RNA-Seq data. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Annotated Transcripts | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Name FlyBase ID RefSeq ID Length (nt) Associated CDS
(aa) FBtr0303429
2076
526 FBtr0303430
2494
606 FBtr0303431
2500
608 FBtr0303432
2070
524 FBtr0303433
2035
503 FBtr0303435
3537
951 FBtr0303436
2314
498 FBtr0303437
2192
511 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Additional Transcript Data & Comments | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reported size (kB) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comments | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| External Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Crossreferences | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Polypeptide Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Annotated Polypeptides | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Name FlyBase ID Predicted MW (kDa) Length (aa) Theoretical pI RefSeq ID GenBank protein FBpp0292486 60.0 526
6.14 FBpp0292487 69.6 606
5.93 FBpp0292488 69.7 608
5.71 FBpp0292489 59.9 524
6.33 FBpp0292490 57.7 503
6.51 FBpp0292492 104.1 951
6.85 FBpp0292493 56.8 498
6.75 FBpp0292494 58.3 511
7.05 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Additional Polypeptide Data & Comments | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reported size (kDa) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comments | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| External Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Linkouts | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Crossreferences | InterPro
domains - A database of protein families, domains, and functional sites
• Phox/Bem1p (IPR000270)
Protein kinase, catalytic domain (IPR000719)
AGC-kinase, C-terminal (IPR000961)
Serine/threonine-protein kinase, active site (IPR008271)
Protein kinase-like domain (IPR011009)
Protein kinase C, zeta/iota (IPR012233)
Protein kinase, ATP binding site (IPR017441)
Serine/threonine-protein kinase-like domain (IPR017442)
Protein kinase, C-terminal (IPR017892)
Diacylglycerol/phorbol-ester binding (IPR020454)
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences Consistent with the Gene Model
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DDBJ / EMBL / GenBank | DNA sequence Protein
sequence Name | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniProtKB/Swiss-Prot | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniProtKB/TrEMBL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mapped Features | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mapped Features have been reorganized, please
see this article for details. Additional mapped features and mutations can
be found on GBrowse or related reports. Type Symbol &
Location Additional Notes References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
External Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Linkouts | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Crossreferences | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
in situ
Stage
Tissue/Position (including subcellular localization)
Reference
Comment:maternally deposited Comment:ectodermally-derived only; NOT amnioserosa | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Additional Descriptive Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Marker for | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Subcellular Localization | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CV Term | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Notes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Polypeptide Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
immunolocalization
Stage
Tissue/Position (including subcellular localization)
Reference
Comment:enriched at cell borders and apical cortex; forms continuous band around cell circumference Comment:apical-most part of lateral cortex Comment:NOT ganglion mother cell Comment:ectodermally-derived only; NOT amnioserosa Comment:not in the peribouton area | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Additional Descriptive Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Marker for | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Subcellular Localization | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CV Term | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Notes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
High-Throughput Expression Data
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
or
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
See Gelbart and Emmert, 2010.10.13 for analysis details and data files for all genes.
modENCODE Temporal Expression Data (Graveley et al., 2011) FlyAtlas Anatomical Expression Data (Chintapalli et al., 2007) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression Clusters
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
External Data & Images
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Linkouts | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Alleles & Phenotypes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary of Allele Phenotypes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Lethality Allele semi-lethal (with aPKCpsu69) semi-lethal (with aPKCpsu417) viable (with aPKCpsu265) Sterility Allele Other Phenotypes Allele Phenotype manifest
in Allele bouton (with aPKCk06403) larval brain & neuroblast larval brain & neuroblast | supernumerary, with Scer\GAL4wor.PA larval brain | posterior & neuroblast | supernumerary, with Scer\GAL41407 microtubule & synapse microtubule & synapse, with Scer\GAL4BG487 microtubule & synapse, with Scer\GAL4C380 mushroom body & neuron | somatic clone | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Classical Alleles ( 16 ) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| For All Classical Alleles Show | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Alleles Carried on Transgenic Constructs
( 21 ) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| For All Alleles Carried on Transgenic Constructs Show | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Aneuploid Aberrations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Not disrupted in | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disrupted in | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transgenic Constructs & Insertions
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transgenic Constructs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of
construct Name Expression
data UAS construct NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA characterization construct | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Insertions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of insertions Name Expression
data insertion of enhancer trap binary system miscellaneous insertions insertion of enhancer trap insertion of mobile activating element | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Ontology: Function, Process
& Cellular Component ( 35 unique terms ) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Terms Based on
Experimental Evidence ( 21 terms ) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Function | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CV term References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
inferred from direct assay | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Biological Process | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CV term References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
inferred from genetic interaction with raps inferred from physical interaction with par-6 inferred from mutant phenotype inferred from direct assay inferred from genetic interaction with sgg inferred from mutant phenotype inferred from genetic interaction with sgg inferred from mutant phenotype inferred from mutant phenotype inferred from mutant phenotype inferred from mutant phenotype inferred from mutant phenotype inferred from mutant phenotype inferred from mutant phenotype inferred from mutant phenotype inferred from genetic interaction with l(2)gl inferred from mutant phenotype inferred from mutant phenotype inferred from mutant phenotype | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cellular Component | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CV term References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
inferred from direct assay inferred from direct assay | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Terms Based on Predictions or
Assertions ( 19 terms ) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Function | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CV term References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
inferred from electronic annotation with InterPro:IPR000719, InterPro:IPR000961, InterPro:IPR002290, InterPro:IPR012233, InterPro:IPR017441, InterPro:IPR017892 non-traceable author statement non-traceable author statement inferred from electronic annotation with InterPro:IPR012233 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Biological Process | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CV term References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
non-traceable author statement non-traceable author statement non-traceable author statement non-traceable author statement non-traceable author statement inferred from electronic annotation with InterPro:IPR002219 traceable author statement traceable author statement inferred from electronic annotation with InterPro:IPR000719, InterPro:IPR000961, InterPro:IPR002290, InterPro:IPR008271, InterPro:IPR017892 non-traceable author statement non-traceable author statement traceable author statement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cellular Component | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CV term References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
non-traceable author statement traceable author statement traceable author statement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence Ontology: Class of Gene | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Interactions & Pathways | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary of Physical Interactions
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein-protein | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Interacting group
Assay
References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary of Genetic Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Interacts with | Please look at the allele data
for full details of the genetic interactions aPKC allele Gene References | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
External Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Linkouts | DroID
- A comprehensive database of gene and protein interactions.
InterologFinder
Protein-protein interactions (PPI) from both known and predicted PPI data sets.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome-wide drosophilid orthologs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curated drosophilid orthologs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Linkouts | OrthoDB (Arthropod subset)
The hierarchical catalog of eukaryotic orthologs.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stocks & Reagents | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stocks Listed in FlyBase ( 11 ) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Bloomington | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Harvard | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Kyoto | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| VDRC | v105624 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genomic Clones ( 1 ) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Please Note FlyBase no
longer curates genomic clone accessions so this list
may not be complete | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA Clones ( 71 ) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
This section lists
cDNAs and ESTs that fall within the genomic extent
of the gene model, which may include cDNAs and ESTs
of genes within introns, or of overlapping genes.
Please see GBrowse for alignment of the cDNAs and ESTs
to the gene model. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| cDNA Clones, Fully Sequenced | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| BDGP DGC clones | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Other clones | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| cDNA Clones, End Sequenced (ESTs) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| BDGP DGC clones | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Other clones |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RNAi & Array Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Linkouts | DRSC
- Results from RNAi screens.
GenomeRNAi
- GenomeRNAi – A database for cell-based and in vivo RNAi phenotypes and reagents
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Antibody Information
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
polyclonal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Discoverer | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Etymology | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Identification | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Relationship to Other Genes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Source for database identity of | Source for identity of: aPKC l(2)k06403 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Source for database merge of | Source for merge of: aPKC CG30475 Source for merge of: l(2)k06403 CG10261 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Additional comments | Annotations CG10261 and CG30475 merged as CG42783 in release 5.28 of the genome annotation. Source for identity of aPKC l(2)k06403 was sequence comparison (date:000915). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Comments | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
aPKC promotes neuroblast self-renewal. dsRNA made from templates generated with primers directed against this gene tested in RNAi screen for effects on Kc167 and S2R+ cell morphology. New annotation (CG30475) in release 3 of the genome annotation. A loss of function mutation in aPKC results in loss of apico-basal polarity and multilayering of epithelia in the embryo. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
External Crossreferences & Linkouts
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence Crossreferences | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq (Transcripts) • RefSeq (Proteins) • • Entrez Gene
- A searchable database of RefSeq genes.
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Other Crossreferences | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InterPro
domains - A database of protein families, domains, and functional sites
• Phox/Bem1p (IPR000270)
Protein kinase, catalytic domain (IPR000719)
AGC-kinase, C-terminal (IPR000961)
Serine/threonine-protein kinase, active site (IPR008271)
Protein kinase-like domain (IPR011009)
Protein kinase C, zeta/iota (IPR012233)
Protein kinase, ATP binding site (IPR017441)
Serine/threonine-protein kinase-like domain (IPR017442)
Protein kinase, C-terminal (IPR017892)
Diacylglycerol/phorbol-ester binding (IPR020454)
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Linkouts | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DroID
- A comprehensive database of gene and protein interactions.
DRSC
- Results from RNAi screens.
FlyMine
- Integrated genomics database for Drosophila, Anopheles, and C.elegans
GenomeRNAi
- GenomeRNAi – A database for cell-based and in vivo RNAi phenotypes and reagents
InterologFinder
Protein-protein interactions (PPI) from both known and predicted PPI data sets.
modMine
- Data generated by the modENCODE project.
OrthoDB (Arthropod subset)
The hierarchical catalog of eukaryotic orthologs.
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms & Secondary IDs
( 25 ) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reported As | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Symbol Synonym | aPKC (Richter et al., 2011, Leong et al., 2009, Yu et al., 2008, Hutterer et al., 2004, Wang et al., 2009, Pocha et al., 2011, Jones and Metzstein, 2011, Campbell et al., 2010, Le Bivic, 2005, Wirtz-Peitz and Knoblich, 2006, Humbert et al., 2006, Liu et al., 2008, Djiane et al., 2005, Gotta, 2005, Tian and Deng, 2007, Andersen et al., 2007, Grifoni et al., 2007, Budde, 2005, Budde, 2005, Siegrist and Doe, 2005, Betschinger et al., 2006, Wiggin et al., 2005, Solecki et al., 2006, Lu and Bilder, 2005, Caussinus and Gonzalez, 2005, Chabu et al., 2007, Guthridge et al., 2007, Kim et al., 2007, Leibfried et al., 2007, Orihara-Ono et al., 2007, Wirtz-Peitz et al., 2007, Wang and Riechmann, 2007, Harris and Peifer, 2005, Wang et al., 2006, Christensen et al., 2007.10.29, Sasaki et al., 2007, Lee et al., 2006, Lee et al., 2007, Wang et al., 2007, Becam et al., 2005, Morrison and Kimble, 2006, Krahn and Wodarz, 2008, Chen et al., 2008, Harris and Tepass, 2008, Colosimo and Tolwinski, 2008, Roegiers et al., 2005, Rolls and Doe, 2004, Lecuit, 2004, Yamashita et al., 2005, Margolis and Borg, 2005, Hampoelz et al., 2005, Suzuki and Ohno, 2006, Lin, 2008, Chia et al., 2008, Christensen et al., 2008.10.20, Horne-Badovinac and Bilder, 2008, Menut et al., 2007, Pirraglia et al., 2006, Siegrist and Doe, 2006, Smith et al., 2007, Lee et al., 2006, Bowman et al., 2006, Harris and Peifer, 2007, Denef et al., 2008, Bowman et al., 2008, Choksi et al., 2006, Mirouse et al., 2007, Li et al., 2008, Rusan et al., 2008, Grzeschik et al., 2007, Wirtz-Peitz et al., 2008, Slack et al., 2007, Wang and Riechmann, 2007, Polesello and Tapon, 2007, Albertson et al., 2004, Sotillos et al., 2008, Leibfried et al., 2008, Spasić et al., 2008, Atwood et al., 2007, Romani et al., 2009, Harris and Tepass, 2008, Mirouse et al., 2009, Blankenship et al., 2007, Sousa-Nunes et al., 2009, Vincent et al., 2008, Chabu and Doe, 2008, Kurusu et al., 2009, McDonald et al., 2008, Morrison et al., 2008, Li et al., 2009, Grusche et al., 2009, Peng et al., 2009, Atwood and Prehoda, 2009, Chabu and Doe, 2009, Ramachandran et al., 2009, Hamaratoglu et al., 2009, Genevet et al., 2009, Laprise et al., 2009, Cabernard and Doe, 2009, Flaherty et al., 2009, Campbell et al., 2009, Yan et al., 2009, Warner and Longmore, 2009, Ogawa et al., 2009, Langton et al., 2009, Weng et al., 2010, Ma et al., 2009, Morais-de-Sá et al., 2010, Krahn et al., 2010, Grzeschik et al., 2010, Robinson et al., 2010, Franz and Riechmann, 2010, Wirtz-Peitz et al., 2008, Shao et al., 2010, David et al., 2010, Duchi et al., 2010, Warner et al., 2010, Genevet et al., 2010, Froldi et al., 2010, Simone and DiNardo, 2010, Harumoto et al., 2010, Tikhmyanova et al., 2010, Fernandez-Minan et al., 2008, Djiane et al., 2011, Grifoni et al., 2007, Lee and Thomas, 2011, Orihara-Ono et al., 2011, Hazelett et al., 2009, Kaplan et al., 2011, Kaplan et al., 2009, Chang et al., 2010, Letizia et al., 2011, Shaik et al., 2011, Feng et al., 2011, Kim et al., 2009, Georgiou and Baum, 2010, Cabernard et al., 2010, Colosimo et al., 2010) apkc a-PKC aPKC-zeta aPKCζ CG10261 CG30475 DaPKC (Langevin et al., 2005, Sotillos et al., 2004, Izumi et al., 2004, Goto et al., 2003, Yu et al., 2003, Yu et al., 2003, Wu and Beitel, 2004, Fischer and Wodarz, 2005, von Stein et al., 2003, Bardin et al., 2004, Drier et al., 2004, Hidalgo and ffrench-Constant, 2003, Wodarz and Huttner, 2003, Mueller and Bossinger, 2003, Hong et al., 2003, Doerflinger et al., 2003, Humbert et al., 2003, Tuxworth and Chia, 2003, Abdelilah-Seyfried et al., 2003, Skeath and Thor, 2003, Muller, 2003, Chia and Yang, 2002, Adler, 2002, Schaefer and Knoblich, 2001, Wedlich, 2002, Pellettieri and Seydoux, 2002, Knust and Bossinger, 2002, Izumi et al., 2003, Sotillos et al., 2003, Radimerski et al., 2002, Wodarz et al., 2002, Tello et al., 2001, Cox et al., 2001, Mastushita-Sakai et al., 2010, Wodarz, 2001, Knust, 2001, Silverman and Maniatis, 2001, Knust, 2001, Bilder, 2001, Ohno, 2001, Bilder, 2001, Wodarz et al., 2001, Kramer, 2000, Wodarz, 2000.7.19, Wodarz et al., 2000, Letizia et al., 2007, Somers and Chia, 2005, Avila et al., 2002, Wang et al., 2005, Bonaccorsi et al., 2007, Blankenship et al., 2006, Speicher et al., 2008, Xu et al., 2008, Gilbert et al., 2009, Walther and Pichaud, 2010, Zeng et al., 2010, Kempkens et al., 2006) daPKC l(2)k06403 PKCl,i | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Name Synonym | Atypical PKC atypical PKC atypical protein kinase C (Wodarz, 2000.7.19, Liu et al., 2008, Ahringer, 2005, Harris and Peifer, 2005, Sasaki et al., 2007, Becam et al., 2005, Lecuit, 2004, Marques, 2005, Choksi et al., 2006, Wirtz-Peitz et al., 2008, Blankenship et al., 2007, Chabu and Doe, 2009, Ogawa et al., 2009, Kim et al., 2009, Krahn et al., 2010, Grzeschik et al., 2010, Robinson et al., 2010, Warner et al., 2010, Kaplan et al., 2009, Shaik et al., 2011) atypical-Protein Kinase C atypical Protein kinase C atypical Protein Kinase C Atypical protein kinase C atypical protein kinase C ζ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Secondary FlyBase IDs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
References ( 307 ) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Generate a list of | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| List References by type |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Recent research papers ( 34 ) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Recent reviews (0)
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| All reviews listed in FlyBase were published before 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

