Gene Dmel\Inx3
| General Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Symbol | Dmel\Inx3 | Species | D. melanogaster | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Name | Innexin 3 | Annotation symbol | CG1448 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Feature type | protein_coding_gene | FlyBase ID | FBgn0265274 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Gene Model Status | Current | Stock availability | 4 publicly available | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Also Known As | inx-3, Dm-inx3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genomic Location | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chromosome (arm) | 3R | Recombination map | |||||||||||||||||||||||||||||||
| Cytogenetic map | 98E6-98F1 | Sequence location | 3R:24,679,328..24,684,936 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||
Genomic Maps |
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Summary Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Automatically generated summary
See sections below for more information | The gene Innexin 3 is referred to in FlyBase by the symbol Dmel\Inx3 (CG1448, FBgn0265274). It is a protein_coding_gene from Drosophila melanogaster. There is experimental evidence that it has the molecular function: gap junction channel activity. There is experimental evidence that it is involved in the biological process: intercellular transport. 5 alleles are reported. No phenotypic data is available. It has 2 annotated transcripts and 2 annotated polypeptides. Protein features are: Innexin. Gene sequence location is 3R:24679328..24684936. | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| User Contributed Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Recent Updates
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| Description |
What does this section display?
This section contains items that were added to this record for each release.
It currently only tracks new links between this FlyBase report and other
FlyBase data classes (e.g. genes, references, stocks) or controlled
vocabulary terms (e.g. GO, anatomy terms).
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| FB2013_03 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| FB2013_02 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| All updates | Click here to see a list of all updates to this record from FB2010_08 and on. | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Detailed Mapping Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| FlyBase Computed Cytological Location | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Cytogenetic map Evidence for location 98E6-98F1
Limits computationally determined from genome sequence between P{PZ}l(3)0648706487 and P{EP}EP3390EP3390 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimentally Determined Cytological Location | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Cytogenetic map Notes References 98E4-98E6
98E4-98E6
(determined by in situ hybridisation)
98E4-98E6
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| Experimentally Determined Recombination Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Location | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Left of (cM) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Right of (cM) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Notes | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model & Products | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Please see the
GBrowse view of
Dmel\Inx3 for information on other features ![]() To submit a correction to a
gene model please use the Contact
FlyBase form
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| Comments on Gene Model | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene model reviewed during 5.48 Gene model reviewed during 5.44 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Annotated Transcripts | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Name FlyBase ID RefSeq ID Length (nt) Associated CDS
(aa) FBtr0330306
2136
395 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Additional Transcript Data & Comments | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reported size (kB) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comments | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| External Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Crossreferences | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Polypeptide Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Annotated Polypeptides | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Name FlyBase ID Predicted MW (kDa) Length (aa) Theoretical pI RefSeq ID GenBank protein FBpp0303338 45.4 395
8.58 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Additional Polypeptide Data & Comments | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reported size (kDa) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comments | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| External Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Linkouts | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Crossreferences | InterPro
domains - A database of protein families, domains, and functional sites
• Innexin (IPR000990)
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Sequences Consistent with the Gene Model
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| DDBJ / EMBL / GenBank | DNA sequence Protein
sequence Name | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniProtKB/Swiss-Prot | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniProtKB/TrEMBL | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Mapped Features | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Mapped Features have been reorganized, please
see this article for details. Additional mapped features and mutations can
be found on GBrowse or related reports. Type Symbol &
Location Additional Notes References | |||||||||||||||||||||||||||||||||
External Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Linkouts | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Crossreferences | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||
in situ
Stage
Tissue/Position (including subcellular localization)
Reference
Comment:reported as head epidermis primordium Comment:reported as head epidermis primordium Comment:reported as head epidermis primordium | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Additional Descriptive Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Marker for | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Subcellular Localization | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| CV Term | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Polypeptide Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||
mass spectroscopy
Stage
Tissue/Position (including subcellular localization)
Reference
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| Additional Descriptive Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Marker for | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Subcellular Localization (GO Cellular Component) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
CV term References | |||||||||||||||||||||||||||||||||
inferred from direct assay inferred from direct assay
(assigned by UniProtKB)
inferred from direct assay inferred from direct assay | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression Deduced from Reporters | |||||||||||||||||||||||||||||||||
High-Throughput Expression Data
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| Associated Tools | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reference |
See Gelbart and Emmert, 2010.10.13
for analysis details and data files for all genes.
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FlyAtlas Anatomy Microarray
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[an error occurred while processing this directive]
FlyAtlas Anatomical Expression Data (Chintapalli et al., 2007)
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modENCODE Anatomy RNA-Seq
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
[an error occurred while processing this directive] | |||||||||||||||||||||||||||||||||
modENCODE Development RNA-Seq
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
[an error occurred while processing this directive]
modENCODE Temporal Expression Data (Graveley et al., 2011) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
modENCODE Cell Lines RNA-Seq
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
[an error occurred while processing this directive] | |||||||||||||||||||||||||||||||||
modENCODE Treatments RNA-Seq
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
[an error occurred while processing this directive] | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression Clusters
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
A cluster of genes with similar mRNA expression dynamics across development. | |||||||||||||||||||||||||||||||||
External Data & Images
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Linkouts | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Alleles & Phenotypes | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary of Allele Phenotypes | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Lethality Allele Phenotype manifest
in Allele | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Classical Alleles ( 0 ) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| For All Classical Alleles Show | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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Alleles Carried on Transgenic Constructs
( 5 ) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| For All Alleles Carried on Transgenic Constructs Show | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Aneuploid Aberrations | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disrupted in | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Transgenic Constructs & Insertions
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| Transgenic Constructs | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of
construct Name Expression
data | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Insertions | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of insertions Name Expression
data | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Ontology: Function, Process
& Cellular Component ( 5 unique terms ) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Terms Based on
Experimental Evidence ( 5 terms ) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Function | |||||||||||||||||||||||||||||||||
CV term References | |||||||||||||||||||||||||||||||||
inferred from direct assay | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Biological Process | |||||||||||||||||||||||||||||||||
CV term References | |||||||||||||||||||||||||||||||||
inferred from direct assay | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cellular Component | |||||||||||||||||||||||||||||||||
CV term References | |||||||||||||||||||||||||||||||||
inferred from direct assay inferred from direct assay(assigned by UniProtKB) inferred from direct assay inferred from direct assay | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Terms Based on Predictions or
Assertions ( 2 terms ) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Function | |||||||||||||||||||||||||||||||||
CV term References | |||||||||||||||||||||||||||||||||
inferred by curator from GO:0005921 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Biological Process ( 0 terms) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cellular Component | |||||||||||||||||||||||||||||||||
CV term References | |||||||||||||||||||||||||||||||||
inferred from sequence or structural similarity with EMBL:AF115854 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence Ontology: Class of Gene | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Interactions & Pathways | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary of Physical Interactions
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
| protein-protein | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Interacting group
Assay
References | |||||||||||||||||||||||||||||||||
anti tag coimmunoprecipitation, peptide massfingerprinting anti tag coimmunoprecipitation, peptide massfingerprinting anti tag coimmunoprecipitation, peptide massfingerprinting anti tag coimmunoprecipitation, peptide massfingerprinting anti tag coimmunoprecipitation, peptide massfingerprinting anti tag coimmunoprecipitation, peptide massfingerprinting anti tag coimmunoprecipitation, peptide massfingerprinting anti tag coimmunoprecipitation, peptide massfingerprinting anti tag coimmunoprecipitation, peptide massfingerprinting anti tag coimmunoprecipitation, peptide massfingerprinting anti tag coimmunoprecipitation, peptide massfingerprinting anti tag coimmunoprecipitation, peptide massfingerprinting anti tag coimmunoprecipitation, peptide massfingerprinting anti tag coimmunoprecipitation, peptide massfingerprinting anti tag coimmunoprecipitation, peptide massfingerprinting anti tag coimmunoprecipitation, peptide massfingerprinting anti tag coimmunoprecipitation, peptide massfingerprinting anti tag coimmunoprecipitation, peptide massfingerprinting anti tag coimmunoprecipitation, peptide massfingerprinting anti tag coimmunoprecipitation, peptide massfingerprinting anti tag coimmunoprecipitation, peptide massfingerprinting | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary of Genetic Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Interacts with | Please look at the allele data
for full details of the genetic interactions Inx3 allele Gene References | ||||||||||||||||||||||||||||||||
External Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Linkouts | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologs
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OrthoDB Orthologs (38)
- based on analysis using Dmel annotation version 5.41
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
| OrthoDB Ortholog Groups | |||||||||||||||||||||||||||||||||
OrthoDB orthology group searches Drosophila inclusive ortholog search Dipteran inclusive ortholog search Insect inclusive ortholog search Arthropod inclusive ortholog search Metazoa inclusive ortholog search | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologs in Drosophila Species
(EOG6NKCFD)
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Organism Common Name Gene AAA Syntenic Ortholog Multiple Dmel Genes in this Orthologous Group | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologs in non-Drosophila Dipterans
(EOG63FH5F)
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism Common Name Gene Multiple Dmel Genes in this Orthologous Group | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologs in non-Dipteran Insects
(EOG6Z0924)
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Organism Common Name Gene Multiple Dmel Genes in this Orthologous Group Apis mellifera Western honey bee Amel\inx3 Nasonia vitripennis Parasitic wasp Nvit\Nasvi2EG016016 Acromyrmex echinatior Panamanian leafcutter ant Aech\AECH12792 Atta cephalotes Leafcutter ant Acep\ACEP22071 Camponotus floridanus Florida carpenter ant Cflo\CFLO14822 Harpegnathos saltator Jerdons jumping ant Hsal\HSAL15440 Linepithema humile Argentine ant Lhum\LH12198 Pogonomyrmex barbatus Red harvester ant Pbar\PB16326 Solenopsis invicta Red fire ant Sinv\SINV12041 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologs in non-Insect Arthropods
(EOG695X76)
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism Common Name Gene Multiple Dmel Genes in this Orthologous Group | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologs in non-Arthropod Metazoa
(EOG65XMPR)
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism Common Name Gene Multiple Dmel Genes in this Orthologous Group | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Human Orthologs (0) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene OMIM HGNC | |||||||||||||||||||||||||||||||||
AAA Orthologs (11)
based on analysis using Dmel annotation version 4.3
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism Gene Drosophila simulans Drosophila sechellia Drosophila erecta Drosophila yakuba Drosophila ananassae Drosophila pseudoobscura pseudoobscura Drosophila persimilis Drosophila willistoni Drosophila virilis Drosophila mojavensis Drosophila grimshawi | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Stocks & Reagents | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Stocks Listed in FlyBase ( 4 ) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Bloomington | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| VDRC | v39094 v39095 v44767 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Genomic Clones ( 2 ) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Please Note FlyBase no
longer curates genomic clone accessions so this list
may not be complete | |||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA Clones ( 109 ) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
This section lists
cDNAs and ESTs that fall within the genomic extent
of the gene model, which may include cDNAs and ESTs
of genes within introns, or of overlapping genes.
Please see GBrowse for alignment of the cDNAs and ESTs
to the gene model. | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| cDNA Clones, Fully Sequenced | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| BDGP DGC clones | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Other clones | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| cDNA Clones, End Sequenced (ESTs) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| BDGP DGC clones |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||
| Other clones |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||
RNAi & Array Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Linkouts | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Antibody Information
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
polyclonal | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Discoverer | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Etymology | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Identification | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Relationship to Other Genes | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Source for database identity of | Source for identity of: Inx3 inx3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| Source for database merge of | Source for merge of: Inx3 anon-EST:fe2B11 Source for merge of: inx3 CG1448 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| Additional comments | Source for merge of inx3 CG1448 was sequence comparison (date:000815). | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Comments | |||||||||||||||||||||||||||||||||
dsRNA has been made from templates generated with primers directed against this gene. | |||||||||||||||||||||||||||||||||
External Crossreferences & Linkouts
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| Sequence Crossreferences | |||||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq (Transcripts) RefSeq (Proteins) Entrez Gene
- A searchable database of RefSeq genes.
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Other Crossreferences | |||||||||||||||||||||||||||||||||
InterPro
domains - A database of protein families, domains, and functional sites
• Innexin (IPR000990)
BDGP expression data
- Patterns of gene expression in Drosophila embryogenesis
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Linkouts | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms & Secondary IDs
( 15 ) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reported As | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Symbol Synonym | anon-EST:fe2B11 CG1448 FBpp0084719 inx3 INX-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| Name Synonym | anon-fast-evolving-2B11 Innexin Innexin-3 innexin 3 Innexin 3 innexin3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| Secondary FlyBase IDs | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
References ( 48 ) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Generate a list of | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| List References by type |
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Recent research papers ( 2 ) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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Recent reviews ( 1 ) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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