Intron annotations. - Mount, S. (2001)
In the list below the introns are suspected of being an annotation error because the intron is extremely short, because the 5' splice site does not conform to consensus, or both. In some cases, the intron is displaced relative to its actual position. In others, there may be no intron at all. In all cases, the evidence for the intron should be reviewed. The list contains lines like: 17860935 17860909 2R CG11716:2 26 GATGAGAACGAAAAAAAATGAAAAAAAAACGAAAAATCAAT The penultimate field is the length of the intron, and the sequence is the intron itself plus 10 nt. upstream and 5 nt. downstream. Steve Mount \------------------------------------------------------------------------------ -- 17860935 17860909 2R CG11716:2 26 GATGAGAACGAAAAAAAATGAAAAAAAAACGAAAAATCAAT 2828076 2828061 3R CG1028:1 15 AAGAACATCTAAAAAAGATAAAAAATCGAG 4217476 4217435 2R CG8024:5 41 CAAGACCAAGAAAAAGAGCCTGACGCGCCGCCTGCTTCTTGGAGGCCTGAGAAAAA 4750702 4750767 3R CG11963:9 65 GATTGCACAAAAAAAGAGGAAAAGAAAAAGGAAGAAAAGAAAGACATTTGCGAAAAGAAAGGTAAAAAGTAAAGGGATAC 8747854 8747891 3L CG4974:1 37 GGAAAAACTGAAAATATCGGTGCGAAATTCGAGCGGAAAAACGCTAGAAAAG 11486731 11486686 X CG2448:5 45 AGTTGAAAGAAAACAAAAACAAAGATAAAAAACGAACGCAAAACAAAACTAAAACTGATA 6576625 6576694 U CG12460:3 69 GCCCACCTTTAAACCACCTTTAAACTATCATCCTAATGCCGAGAAGGCTAAGCGCGCCCTGGACGGATCGATGCGAATG GTGTA 7421538 7421612 3L CG16992:2 74 ATGCTGGATAAACAGTGGGTTTTAGGGTAGAGTGTTTAAGCCAGTTTAAGACCAGTAATTGATTTTCTTTGAACAGCCT ATGACTGGTC 14024831 14024911 X CG1517:14 80 TAGGGCCCAAAACGCCAGCGTAAGTAGCGATGGGTCTTCATTGTGAATATAATATAAGAATTACATTTAAATTTGTTAT GTACCCTTCAGAAGCA 9846925 9846964 2L CG4619:1 39 AGAGAGTTGAAACTATATAAACACAGTTTAACACATCGTTTTGTTTCAGCTAAA 14960345 14960361 2L CG15270:1 16 GAATGAGCCAAACTTTTAAAACTTTAATGCA 11605947 11606010 3R CG4546:1 63 TGACTTCGGTAAGTGATATATAAGAAGCATAATAGATATGGATTCTTATGTAGCCACTTTACCTGCTTCTCCAGATCG 8194909 8194832 3R CG17227:1 77 AGAGCAGGGCAAGTTGTCATTTTTCAAGAAACTTCCGACACAAACTCTTGTTGAGTCTGGTCTAACTTCTCGTTTCCCG TAGATGGCGACGT 2830285 2830230 2R CG12055:1 55 TCCCCTGGCCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGGTCAT 1579159 1579121 3L CG12104:2 38 ATATTTACCAAATAAGTAAAATTTATAAATAATTTTAAAAATAAAATGTTAGA 4509091 4509129 X CG6998:3 38 ACACACACACACACACACACACACACACACACAAACACACACACACACGGACA 11805824 11805779 3R CG4201:4 45 GTAAGTTAATACAGAAAACTGTTAAAAATTTACTAATAAATCATTTGGGTTACAGACTTG 6003419 6003364 X CG3648:5 55 GCCTTTCCTCACAGGTTAATAATAATAGTAATATATAATTTAATAGAATTATATCAATCGCTTTCTTGGC 5172226 5172303 3R CG18473:6 77 TGACCCCTAAACCTAAAAAGTTTGTTATTCTGGTAGCATCTCTTATCATGTTTTTCTTGTTGATAAGATTAGCGCGGTT CTTTTGGCAATAA 9164046 9164009 2L CG17011:1 37 TCCACAGTCAACCTCACCCCGCAATCCCGGCCAGATTTCCCCTGACAATGAC 7854710 7854644 3R CG14740:4 66 AAAGTGCTAGAGAACTAAGGTGAATGTTTGCTTTCATTATTCTAAACTTTCAAACAAATATTTTCTCTCTTAATAGATA AC 22678468 22678537 3R CG18472:6 69 GGAAATTTAGAGAACTGCATACAGTGTCTGCAGCGTGATGTTTTTACGATTGTTTAAAAATATATACATATGTAATGCA AATAA 528668 528712 X CG5273:3 44 TGGCTTTTAGAGACCATGCTTCTGGAACGTTCCACTGTGCACCCACTCAATTACCCGAC 3196268 3196204 2R CG8708:2 64 CTTTACTACAAGACGGATGACGTAAGTTTCGCCTGATAAGGGATAGGTATTCTTAACATCTTGTGTTCCGACAGGGTCT 12768031 12768085 3R CG8907:2 54 CTTCCAGGTGAGCAGCCACGATTTTTCAGCACTTTGAGATCTGTAATAATTAGATCATTAATAGGTGGC 9397087 9397009 X CG3004:3 78 ACTGAACTGAAGCATCAACTAAAACAACATCCACACAACAATTGAACAGATTAATGAGAATACCTCTGAAAATGAGCGC TTGGCTTTTGTAGC 9815336 9815258 3L CG6707:4 78 TGCTTCGGTAAGCCAAATCAATTTAAAATCAAGCTGAAGTATGTGATTTTCTAAACCCATATGTGTGTTTCCTTTTGCA TTTTTCCAGGATCA 15771723 15771655 2R CG17999:2 68 GCATTACAGCAGCCGCGTAAGTTTCTGTGTATTTCGCGATGAACTAAATCAATTCTAATAGATGTTTTCTAATTTTAGG TATG 15973563 15973607 2L CG4892:1 44 AAAACGCTGGAGGAATCTGCAAAGTTGGCCACGGATGCCGATTCCGTAAAGAGTATGGA 7689844 7689784 3R CG6977:8 60 AACCGCGCCAAGTAAGTGTACTTTACTTTTGCGAAGAGCTTTTCTAATGTGTAATTCTCAAATCCGTTAGCTACG 20060506 20060558 3R CG18670:4 52 CAATCAACAAAGTAAGTTCGAATTTGTTTCAATAAGCGGTAGCTAACTGTTTTTTCCTGCAGAAAAT 1663690 1663741 3R CG1208:4 51 TTAATTGGTAAGTGATGTAAACTTGCCAGTTTGAATTCGATTTGAATGTGCAGCACTTCAGGTATC 2375669 2375613 3R CG10690:2 56 TCGTGCTGTTAGTTAGAGTACGGATGAAGTGAGAGATAGCCAAGTGCGCGACAGGTGTCCACTCACCTTGA 646780 646841 3R CG1277:1 61 GGCAATGTCAAGTTGCTAAGCGAAGAAAGCAGTCATTAGACATAAATTTGAATGTTAAACTGGACACTTACCTGGG 9449390 9449448 3R CG9351:11 58 ACAAACCAAAATAAATTGTATTTAGTAGTTAAATCCCCCTCTCTCCAAACTGATATGAACAGCAGCAGCAGCG 7939447 7939495 2L CG7392:5 48 TATGCATACAATAATAAGAAAGGGAAAAGAGAACACAACATAAACATACAAATAATTGCTAAA 16246488 16246519 2R CG9696:1 31 CGTCGAACTGATACCAACCTTCTGTCTGATACGGCGAACAGCAGTA 20361942 20361957 3L CG5100:5 15 GATTTAGGCAATATATATATATATAATGCG 1093302 1093356 4 CG11148:6 54 TTGATGGTAAATATTTGCATAATTGTTATATATTTAACTGTATTCATTTTCATTACATTTTTAGTACCC 23662918 23662846 3R CG4976:4 72 AAACTCAAGGATGATGCAGTTAAGGTAAGCTGTTCAAGAAATACCCTATTTATGGAGTTATAAACCTATTATTCTTTTA AAGGCCCA 6550270 6550209 X CG3203:4 61 TCTTGACCGGATGTGTTATTTACACATATCAAATATTAAGATATCTTACTAATTGCCCATGTTTCTTGCAGATATT 17593271 17593231 3R CG6575:2 40 ATGATTAATAATTAATAATAGTAATATATCCGGATGCATTGCGATATCGGTCTTA 11811999 11811944 X CG11366:1 55 TGTAAATATTATTAGACACTTTTTCTTACATTGCAACATCACTTAAAAAACAAAAAAAAAGTTACCGATT 11619163 11619096 3R CG4224:6 67 TGATACGCAGATTTAATAAGTAAGTACTAACTGAATCCATAGTTATGGATTCCTCACTAACTTTGACTGCTTTACAGAG ACA 17020448 17020436 3R CG6056:1 12 GGTTTAACCAATTTCCCGAAAAATGGT 7583359 7583321 3R CG6939:9 38 GCCACGCCCGCAAATTTTTTGATATAATTTTTTATATATATACATATATCCTT 20042622 20042577 3L CG13812:2 45 ACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAATAATAGCAGTA 8929877 8929826 3L CG5194:1 51 AAAAAAATGGCAAGTAGAATAGATTTTTATGTGGCCCATAGTGTAAGATAATTTCCCGTAGGTTGG 16013610 16013538 X CG9910:5 72 TAAGTGAAAGCACTTACTCATTAAGCGAAGCACCCTTCCAAATCTCGTCATCCCCGTTATCTTTTTTGACAAAAATAAT CAGTATTT 18909539 18909476 2L CG10699:7 63 GCAGCAGCAGCAGCATCAGCCACATTCGTCGCAGCTATAGCAGCGGCATCACACTGAACGCTCGCAACCGCAGCAGCA 7795994 7796027 X CG1543:1 33 TCATCACAAGCAGGAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCA 19237792 19237727 2L CG18576:5 65 CCGGATGGACCAGGTATGTAAATACCAGCTAACTCAATTATTTGATTGTGAACTAAAATGTTTGTCCCATTTCAGTTGGC 15564187 15564217 X CG8544:12 30 ACATCGGCAACATCAGCAACATCAGCAACATCGGCAGCAGCAATA 15893555 15893495 3L CG5830:5 60 AAAGACGTAACATCAGTGGGAACTAATGTTTATAAATATATGATAAATTGTTTACATATTACAAGACCAAGCAAG 9205307 9205382 3L CG4481:15 75 TGGGCTTGGGCATGGGACTGGGCGGCGGCATGAGTGGCGGTAGTCTGGGTAAGGCCAATGGATCCATGATGTTGGGTCC ATCGAGCGCCG 4495722 4495690 X CG2984:1 32 CGGGGGAAAACCACAAAAAATAACAGAGGGAGAAGCAGGAAGATGTT 1082166 1082098 3R CG12173:2 68 CACGGATATTCCAGGAGGTGAGTGGCTGATCCACACGAATCCTCATCCGTAACATTTTTAATGTGAAATTATATTTTAG AAGC 17868183 17868121 X CG5659:8 62 AGCTACGCCCCCATTCTTAGTTCATATGTAATGGCCTCTCGAATGTTGCAAATCCTTAATGGAGATCAGTGCTCCCA 11945108 11945069 X CG1924:1 39 CTGCCAGATGCCGACATGATTTTTGATCCAACTGCCACGAAACCTGAAGATTGG 3943325 3943265 2R CG8258:1 60 GCGCCAGTCACCGTTTACGATAATCGATAGGCAAGTGCCATCGCTATCCCATCCAGAATGTTCGCGGCCACTTTG 8380592 8380667 2R CG4740:2 75 GCGGCGCCACCCTGGGCTACAACAAGTGAGTCTCTTAAAGGATTACGATCTGAGCAATAGCGAAACTAATCTTATTTTT CATGAGCAGTC 25958904 25958925 3R CG9682:5 21 CTGGAAATGTCGCTGGAAGTGCAGCAAATGCTGCTG 13489863 13489819 X CG10986:10 44 GACACGACGACGGAGGGCGGCATTCCGCCGCTGGCCATTGAGATTGTCCAGGAGATGAC 19602373 19602322 X CG15618:4 51 GCTCGTCCTGCGGCCCGTCGATTATACAGAAAACGCTACACTAGCACTGGCTATTCTGAAGAGGAT 13557244 13557296 2L CG18507:3 52 GACGGTAAGTCGGGCAAACTGTTCTAACTGGAAAATAGTTAAATAAAATTATACTTTTCCAGCTCAC 20685914 20685859 2L CG9337:4 55 GTACAGCAAACGTAAGTGTTTGGAGTCCATATCCGAATCTTACTGACATGAAATTTATGCGCAAGCCGCC 21276976 21276925 3L CG5664:3 51 GCAGTTGTCGCGTGAGGATTACCTAGCATTACTCCTTAGCGCCTTAAAAGACTATGACAAGTGGTT 16502581 16502641 3L CG18860:2 60 CACCAGGCAGCGTGAGTTAACTGGTTACCTTTTAATGACTATGATACAGTAACGGATGCATGTTTTTTAGAATCA 12412254 12412202 2R CG6530:2 52 CACTCCAGAACGTGGAAGACCGTTGGTAAGCTGAATTCCCTGCTTGACTTTAAGGTTTTTAGTTAAT 11855121 11855063 X CG11359:1 58 TTGTCAGGTGCTAAGGGAAAAATTTGTTTAGTTAATGGAAAAATATAAGGCACAATTTATTTACTTACTTTTT 19731355 19731314 3R CG5405:11 41 CGTCTATGTACTACCTAAATCAGAAAAATATCTGTGTGTGAAATTATATACAAAAC 11854974 11854900 X CG11359:2 74 GGGTGAAACTCTAGAAATACAAATGTTGTACGATTTCTGTGTAGTTTTTCCATATGTTTGTGGTTTGTTAAATTTGTAG CTTACCAATT 2864572 2864510 2R CG18495:4 62 AAGTGAGAGACTAGGAAAAAATTATAAAATCATTTTAGTCTCAAATCAAAAGAAAAAGAATCCGTGGTGAACCTTTT 16094621 16094684 2L CG4935:4 63 TGATTATTAGCTATATACATATATTAACATGTGGGTTTCCTTTGTCATATATCCGTCAGGTGATAATGGCGGCGTCGT 4254271 4254214 3L CG11583:2 57 CCACTACCATCTATTAACGAGTCATAGGTTAGCCATAAGCTTGGTCGTATTGTAAAGGAATACCTACCTCAA 11156705 11156639 2L CG6392:10 66 ATGCCCATGCCTATTGTCGAGGGTGAGGAGACGAATTACTTACTGGAAAAACTTAATATGCAAAGGTAAAACTCACCGA AT 21092849 21092818 2L CG8672:1 31 TCGACAATGCCTCCCATGAGGGAACGCATCCCTCAGATCAGATGGA 15249872 15249814 2R CG13867:1 58 AGTTGTATGCCTGAAAGAAGATCGTTTTTAGTTCTAACGCCAAACTGCTGAAGTTCTCTTGAACTTGCCATAA 16363264 16363320 3R CG5206:11 56 GGCGTAGTAACTGAAATGGATTATTTTTTAATTATTTTGTTAATCAGTTTTGAATCATTATCCTACTATGT 2468882 2468827 3R CG1315:3 55 CGAAGAAAAACTGAACGAAAAAGATAGAATTAATTAAAATGTCATACTTTTGTTTTTGTGTTTACCTTAA 21092318 21092288 2L CG8672:2 30 TCACGTGCTTCTGCATTGGTAATTGCTGGTAAGTCGTGGGGAACC 20219992 20219923 3L CG5517:14 69 AGGGACTTGCCTGTAATTGGATTACCAAGAAATCAGATATAACTAATACGCGGTAGATCCACACCAAATACTGATGTAC CTTTA 19308840 19308895 3L CG12518:2 55 CAAGGACGTCCTGTGAATAAAATACAATTAGTTTATAGGGCAGCAAGCTAAGATCTCAAACTTACGGATT 19495556 19495606 X CG12703:5 50 TCGCCGGCGTCTTCCTGACACGCCTGCGCCGCCCCAACTGGTCGCCTGACCGTCGAGGAGCAGAA 15557856 15557784 3L CG7594:1 72 CAAGCGATAGCTTGTTCGGGTAAACCAATATCTTTTCATTAACTTTAAACACTTTCATCAATGTTTAATTGGTTATTTT CAGCTCCG 6989177 6989108 U CG17419:4 69 TCATTGGTAAGAAAGTTATTATCGCGAAATGTAAAATATTATTTCTTTTACATATATACTTTAAATATTTATTTTTTAG CCGGC 18749756 18749804 X CG12527:2 48 TCAGCGATCAGAAGATTCGCAAGGTGCTGTCCGACAACCGGATCGCTAGTGGCTCCAGTGTGG 10647739 10647697 X CG1655:1 42 AGCAGTTCGAGAAGGAGCTGGACAACCTTAAGGAGTTCTACAACAGCAACAGGAAGA 7179690 7179729 3L CG14827:1 39 TCCGCCCGCTGAGGATTCCAGCTGTGCCACTCGAAGACGATCCTTATCTGCTCC 13973792 13973869 3R CG7985:2 77 GCAACAATGAGAGGCGCCAGGTGAGTGCCCTGTTGGCAGTTACCTTAAGTATACCTGAAATATAATGCCATACCATTTA ACTTTTAGCCAAA 17101709 17101779 3R CG7836:4 70 CACGAAGGGTGAGTCCGAATCCTGGCTAGAAGCCAAAATCCTGATCCATGATAACCAAGCTAATTCACGCTCCATTCGC AGGCGG 1467942 1467872 3R CG2244:9 70 ACAAGAATGTGAGTCTCATCAGCTTTGTTAGTTGCAATGAGTCACGCGTATGTTAAATAATATGTTTCTTTTCTTCTTA GTTACA 15559956 15560017 3L CG7325:1 61 TGTTGGGTAAGAGTTTTATTTTGTCAACGATTGTTTATATTTCTAACAACACATTTTTTTTTTGCAGTTCTTTGTA 4879335 4879392 2L CG3753:6 57 ACTTCAGTAAGATACATTTTGAATACTTTGAAAAATGTATTTTTCGCTAACTCAACTTTTTTTTTAGTCCCA 11133499 11133439 2R CG8435:3 60 AGCCCAGCACGATCAGTCTTTCCGCCACATCCTCCAGCAAAGCATCCGCAGCGCAGTCAATGGTTAAAAGGAAGA 12318997 12318935 3L CG4392:4 62 GATGTCGTGAGATGTCTGTCTTAATCTCGTTCCAATCAGGTTAACTCGGCTCGGCCCGGCCACCTCGGCTCTGCGGC 16353590 16353661 X CG18582:1 71 AAATCCACAGGCAAGAACATCCGCTTTAACTATTGTCAAAACCATTGAATTAATGGCATTTGGTTTTCTCATTACGTAC AGGTCGC 2825119 2825177 2R CG11217:3 58 ACTGTTTCAGGCAAGACCCGCGAACATTACGTTAAGCTCATTCCACTGAAGTGTTTCCCCTCTAAAAGGTTTT 5988569 5988513 2L CG9154:1 56 GGAGGATTGGGCAAGAGCACCTGCACATACCTTAGAAACTTATGGTGAAACTCTCTTCGCTTGCAGCAATT 3163265 3163210 2R CG8710:1 55 CTTCAGCTTGGCAAGATTTTTAAGAATCTCTAACTGCTAATTCTAAATAAATTGCATTCAAACAGAAGGA 19016796 19016717 2R CG4012:10 79 CTAGAACAAGGCAAGCAGCATTTAATGCACAGCACAGACTAGTCGGAGTTTTCCTAATGCATATATATATTATTATTCT GTGCTTTTAGTGGAT 5188869 5188929 2L CG14031:4 60 AATATTTGCGGCAAGCATAATCATCTATTTATATACGAAATTGTATTATTAACTATATTTTCTTCTATAGAAACT 8019903 8019849 2L CG8683:10 54 AATACAGAAGGCAAGCATTTACAAGACAATCCATTATAATATATAATTAATAATCTTTGAATAGGAGGC 1342668 1342597 3R CG2902:2 71 CACAATAAAGGCAAGCCCATTGACTAACTGGATGCTCCACTAATCCGAATGCGATAATCACGCTTTCCCATCCAACCGC AGCACCT 1921664 1921608 3L CG1960:11 56 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